Время правления Эхнатона (Аменхотепа IV, ок. 1351—1334 до н. э.) и Нефертити («Прекрасная красота Атона, красавица пришла»), известное как «Амарнский период», ознаменовалось крупномасштабной религиозной реформой — переходом к монотеистическому культу Атона. Роль самой царицы в проведении «солнцепоклоннического переворота» спорна.
Мнения насчет происхождения Нефертити до сих пор разнятся. Один считаю ее иноземной принцессой, другие – египтянкой. Нефертити стала главной женой фараона Аменхотепа IV вопреки всем канонам и традициям древнего Египта.
Правление Аменхотепа IV запомнилось как время «религиозных реформ». Фараон не побоялся выступить против одной из самых мощных каст Египта – жрецов. Эта каста держала в страхе почти всех жителей страны, так как обладала «таинственными знаниями». Они пользовались сложными культовыми обрядами многочисленных богов и таким образом захватывали власть в Египте. Аменхотеп IV был далеко не тем человеком, который отдаст свою власть. Поразмыслив, он объявляет жрецам войну.
Фараон перенес столицу Египта из Фив на новое место. Построил там новые храмы и увенчал их скульптурами нового бога. Он отменил Амона и назначил нового бога – Атона. Фараон даже переименовал себя в Эхнатона, что означает «угодный Атону». Сложно представить, сколько сил потратил фараон на то чтобы переломить и изменить сознание Египта и выиграть войну со жрецами. Разумеется, тут не обошлось без надежного и верного союзника, в роли которого выступала его верная жена Нефертити.
После свадьбы с Нефертити фараон напрочь забыл про свой гарем. Он никуда не отпускал свою жену. Вопреки всем правила женщина впервые стала посещать дипломатические встречи, приемы. Эхнатон без стеснения и при людях советовался со своей женой. Когда он просто выезжал проверить заставы города, он брал с собой юную Нефертити. Караул докладывал обо всем не только фараону, но и его жене. Величественные изваяния царицы украшали каждый храм. Поклонение перед женой Эхнатона перешло все границы. Часто подданные просили у Нефертити благословения перед приемом у фараона.
Многие древние фрески показывают, что в семье фараона была любовь и взаимные чувства. Нефертити родила Аменхотепу IV 6-х дочерей. Но для фараона было важно иметь сына — наследника престола. Не дождавшись сына, фараон женился на молодой девушке из своего гарема с именем Кийа, а Нефертити была изгнана из дворца. В знак своей любви фараон подарил молодой жене золотой гроб и даже дал ей звание «младшего фараона». Но Кийа быстро надоела царю и он вернул ее в гарем. В это время Нефертити жила в провинции и воспитывала мальчика Тутанхамона, сына сестры Аменхотепа IV.
В скором времени фараон умер, от тяжелой болезни позвоночника в 29-летнем возрасте. Следующим известным правителем стал воспитанник Нефертити Тутанхамон, чтобы не терять власть она связала его браком с одной из своих дочерей. На этом упоминания о царице Египта Нефертити заканчиваются, в связи с чем ее имя стало еще более таинственным.