Картина «Боярыня Морозова» писалась художником на протяжении целых шести лет. Сюжет ее рассказывает печальную и трагическую историю Феодосии Морозовой, боярыни, раскольницы, женщины, имеющей непростую судьбу. Первые эскизы к будущей картине были сделаны еще в 1881 году, в то же время до окончательного композиционного решения было еще далеко. А спустя несколько месяцев художник на три года уезжает заграницу работать над другим историческим полотном «Меньшиков в Березове».
Только спустя три года, по возвращении на родину, Суриков продолжил работу над картиной. Работа продолжалась вплоть до 1887 года, с многочисленными переделками и дополнениями, пока не приобрела свой окончательный вариант.
Поводом для написания картины послужило историческое событие в истории нашей страны, связанное и церковным расколом 1665 года. Когда патриарх Никон затеял реформы в Церкви, стали переписываться богослужебные книги, изменилось проведение некоторых церковных обрядов. В частности, большое возмущение среди народа вызвало использование троеперстия вместо двуперстия. Использование двух пальцев при перекрещивании считалось своим, исконным, народным.
А требование креститься тремя пальцами истолковывалось, как навязанное сверху, чужеродное. Раскол произошел не только в Церкви, но и в обществе. Не исключением стали и представители богатых боярских родов. Особое впечатление на художника произвела трагическая судьба боярыни Феодосии Морозовой, которая и легла в основу создания картины.
Феодосия Морозова, в девичестве Соковнина, имела дальнее родство с царской фамилией. Совсем юной девушкой ее выдали замуж за богатого боярина Г.И.Морозова. Феодосия с ранних лет отличалась умом, была начитана, энергична и своевольна. Даже при муже она позволяла себе некоторые вольности. А при расколе открыто поддержала представителей старой Церкви, при этом открыто соблюдала все обряды, и не признавала никаких никоновских нововведений. Феодосия оказывала поддержку протопопу Аввакуму, самому главному ревнителю старой веры. А когда тот вернулся из ссылки в 1662 года, приютила его в своем доме. В тридцать лет Морозова осталась вдовой и полностью распоряжалась своим огромным состоянием, раздавая его нищим. А в скором времени она приняла постриг в монахини.
Сюжет, легший в основу картины, имел место в 1671 году, когда непокорная боярыня посмела противиться царской воле и отказалась принять новые церковные реформы, а значит поддержать существующую власть. За ней были посланы люди, которые увезли ее в Чудов монастырь на допрос. Именно этот момент запечатлел на своем полотне художник. На переднем плане изображены сани, в которых сидит закованная в кандалы боярыня, несломленная, сильная духом женщина, уверенная в своей правоте. Сани символически разделяют толпу на два лагеря.
Образ самой боярыни был навеян художнику сценкой, увиденной однажды на улице: огромная черная ворона била крылом о снег. И было в этом что-то трагическое и безысходное. А лицо боярыни он списал с встреченной случайно у стен монастыря молодой женщины-старообрядки. Еще одним образом, послужившим основой для написания боярыни, стала родная тетка художника – Авдотья Торгошина.