В момент становления христианская церковь имела множество врагов. Вместе с тем и внутри церкви существовала масса разногласий от трактования священных писаний до признания их как неверных. Начались жестокие схватки с еретиками.
Инквизиция была организована папой Иннокентием III в 1215 году и представляла собой католический церковный суд. Такой же суд был установлен в 1229 году во Франции и работал не покладая рук при обнаружении, возмездии и пресечении ереси. Такие трибуналы особенно нещадно боролись с вероотступниками с согласия церковных властей и при поддержке короля Испании Фердинанда. Главнейшей миссией таких судов считалось распознавание, подвержен ли обвиняемый отходу от церковных догм. В самом конце XV столетия начались казни ведьм, которые «заключали сделку» с нечистой силой. Такие процессы распространились по всей Европе и продолжались рассматриваться даже светскими судами вплоть до XVII века.
Итоги деятельности инквизиции удивляют и огорчают наших современных историков и обывателей. Особенно старалась на этом поприще испанская инквизиция, которая не щадила никого. Известно, что только за время 1491-1498 годов было сожжено в огне 8800 человек, Более простым наказаниям, как то лишения состояния, подверглись 90000 человек. Никто не считал тех, на кого были наложены церковные епитимьи, которые в то время считались морально тяжелыми для верующих.
Испанские суды инквизиции стали практиковаться в Нидерландах в 1522 году под руководством короля Карла V. В их задачу входила борьба с протестантами. Таких мучеников стали сжигать на кострах в Антверпене начиная с 1523 года. С остальными вероотступниками поступали не менее жестоко и подвергали их ужасным казням. На плаху и дыбу посылали не только простолюдинов, но и высокопоставленных особ, которые были замечены в неблагоприятных речах. Истребление нидерландцев ширилось и набрало невероятные размеры. Апогеем суровых мер стал смертный приговор всем гражданам этой страны (!). Выполнить «сложную» работу не предоставлялось возможным, поэтому казнить стали любого из попавшихся. В наши дни такие репрессии считаются курьезом истории, что не уменьшает страдания их жертв.
Испанские суды в Нидерландах вызвали ответную реакцию – в стране вспыхнуло восстание 1566-1609 годов, и государство разделилось на католиков и протестантов.